Белки, которые навешивают различные модификации на гистоны и другие белки, а также снимают их, используют маленькие молекулы – метаболиты — в качестве кофакторов. В частности, некоторые гистон лизин деметилазы – белки, которые снимают метильные группы с гистонов, используют альфа-кетоглутарат.